申请回避的程序：
1、当事人及其法定代理人提出回避申请；
2、院长、检察长、公安机关负责人分别决定审判人员、检察人员、侦查人员的回避；
3、驳回的回避申请的，可以申请复议。
根据《刑事诉讼法》第三十一条规定，审判人员、检察人员、侦查人员的回避，应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定；院长的回避，由本院审判委员会决定；检察长和公安机关负责人的回避，由同级人民检察院检察委员会决定。
对侦查人员的回避作出决定前，侦查人员不能停止对案件的侦查。
对驳回申请回避的决定，当事人及其法定代理人可以申请复议一次。
一、刑事诉讼法回避制度的程序
1、回避的种类
自行回避、申请回避、指令回避。
2、申请主体
当事人及其法定代理人、辩护人、诉讼代理人。
3、申请期间
诉讼的任何阶段。
4、申请方式
书面或者口头，不论是检察人员、审判人员自行回避，还是当事人申请办案人员回避。
5、告知程序
法院应当依法告知当事人及其法定代理人有权申请回避，并告知其合议庭组成人员、独任审判员、书记员等人员名单。
6、决定主体
院长：审判人员、法院书记员、翻译人员、鉴定人。
检察长：检察人员、检察院书记员、检察院聘请或者指派的鉴定人、翻译人员。
侦查机关负责人：侦查人员及由其指派或聘请的翻译人员、鉴定人。
机关决定：审委会决定院长、检委会决定检察长或者侦查机关负责人。
7、申请回避后的处理和救济程序
非法定情形的，法庭当庭驳回，并不得复议。
提出回避申请--(审查期间)--作出回避与否的决定--申请复议一次--(复议期间)--复议决定。
申请复议一次的主体：被驳回的回避申请的当事人及其法定代理人、辩护人、诉讼代理人(接到通知时)。
审查期间原则上程序停止，但侦查程序除外。
复议期间，诉讼活动不停止。